Como órgano superior responsable del gobierno del Colegio, de su estructura y de sus colegiados, la Junta de Gobierno, asume, entre otras, las funciones de organización interna y es la responsable de todas las secciones, comisiones y grupos de estudio del Colegio, siendo igualmente la encargada de dirimir los conflictos que se puedan plantear en el ejercicio profesional entre los propios profesionales, así como los relativos a Tasaciones de Costas, intrusismo, expedientes disciplinarios, etc., asumiendo la responsabilidad de la representación del Colegio en sus relaciones institucionales.